La langue la plus couramment utilisée est le français, langue officielle depuis le remplacement dans l'administration des langues vernaculaires.
Traditionnellement, Bayonne parle l'occitan gascon qui a été utilisé au Moyen Âge dans tous les textes officiels de la ville mais la langue basque a également été utilisée depuis l'arrivée des basques. En occitan gascon, ainsi qu'en basque, Bayonne se dit Baiona, prononcé en gascon [baˈjunɔ / baˈjunə].
Il est démontré que le gascon fut la langue employée par la majorité des Bayonnais jusqu'au début du XXe siècle, comme l'attestent l’Atlas linguistique de Gascogne (ALG) (1954-66) et les enquêtes sur la limite du basque de Lucien Bonaparte (1863). Le gascon n'est pourtant pas la seule langue vernaculaire historique de Bayonne. Le basque a commencé à s'y implanter à partir de la révolution industrielle. On assiste depuis une vingtaine d'années à un développement lent mais probant de la langue basque, ou euskara. Il y avait en 2001, 8,8% de bilingues actifs et 8,3% de bilingues passifs dans la Communauté d'agglomération de Bayonne-Anglet-Biarritz
Lors de la création des départements, Bayonne ne s'est pas vraiment détachée (ainsi que d'autres communes gasconnes, telle Bidache) du domaine gascon, mais elle a été incluse dans un département hybride: les Basses-Pyrénées (plus tard devenu Pyrénées-Atlantiques). Ce département est formé de la réunion du Béarn, des pays basques de souveraineté française (pays de Soule, pays de Labourd, et le royaume de de Basse-Navarre, subsistance nord-pyrénéenne de l'ancien royaume de Navarre, annexé à la Castille par Ferdinand d'Aragon en 1512), et d'une mince frange gasconne suivant le cours inférieur de l'Adour. Ceci malgré l'opposition des membres du biltzar du Labourd (de population rurale), qui avaient déjà refusé que Bayonne (population bourgeoise) votât avec eux pour l'élection des représentants aux États Généraux.
En faisant de Bayonne le chef-lieu d'un des cinq arrondissements du département nouvellement créé (les quatre autres étant ceux de Pau, d'Orthez, d'Oloron et de Mauléon), la Révolution transforma Bayonne en un centre urbain primordial pour le Pays basque intérieur, qui en fit sa capitale. Auparavant, les Labourdins et les Navarrais voyaient Bayonne comme une ville portuaire de débouchés pour leurs productions, et se rendaient occasionnellement dans cette cité marchande qui avait été détachée du Labourd par Richard Cœur de Lion en 1177.
Rue de la Salie
Rue de la Salie
La langue basque s'implanta alors plus significativement à Bayonne, avec l'arrivée de Basques venus de l'intérieur et même du Pays basque d'Espagne. Elle cohabita longtemps avec l'autre langue vernaculaire historique de la ville, le gascon dit "maritime" (l'Académie de la Langue gasconne a son siège à Bayonne), utilisé depuis le Moyen Âge. Ce gascon est apparu par un mélange de vocabulaire et de syntaxe du bas-latin avec un substrat basque). Il fut langue officielle comme en témoignent les nombreuses archives épiscopales ou municipales datées de l'époque médiévale (Livre d'Or, Livre des Etablissements, Livre des Délibérations du Corps de Ville), conservées en cette langue (aux côtés d'écrits rédigés en latin ou français, mais aucun en euskara même dans les régions où l'on parle communément basque car seul le gascon était officiel dans le Labourd et la Soule. On ne sera donc pas étonné si la toponymie bayonnaise rappelle encore cette époque et cette tradition linguistique où Bayonne parlait principalement officiellement - exclusivement même (quoique les historiens ne s'accordent pas sur ce point) - gascon : le Pont Mayou, la Rue Pannecau, la rue des Graouillats, la rue Pusterle, la rue Passemillon, la rue Gosse, la rue de l'Abesque, le passage des Menouns… sans compter les rues dont les noms anciennement gascons ou basques gasconnisés furent francisés ou modifiés (rue Charcutière, rue Poissonnerie…).
Rue Poissonnerie
Rue Poissonnerie
Avec l'inclusion dans le département des Basses-Pyrénées, Bayonne retrouva son passé vascon, c'est-à-dire basque latinisé ou romanisé, dont la conquête romaine, puis franque, puis navarraise, anglaise et enfin française l'avaient peu à peu éloignée. Mais, Bayonne tourna de ce fait le dos à la Gascogne à laquelle elle s'était parfois identifiée durant des siècles, et avec laquelle elle s'était construite et donnée une partie de son visage actuel. La francisation grandissante au XXe siècle scella le sort du gascon à Bayonne qui n'est guère plus compris ou parlé que par une frange assez mince de la population. La même francisation fut sur le point d'y parvenir avec l'euskara, préservé par l'action déterminée de collectifs de défense de la langue et de la culture basques). Il n'en reste pas moins, même si la particularité gasconne disparaît très vite que Bayonne est encore une ville à double culture mais que sa situation géographique (coincée entre Pays basque et Gascogne) historique, linguistique et sociale (vasconne, puis gasconne et basque depuis le Moyen Âge, avec le retour plus massif d'une population basque à partir de la fin du XVIIIe siècle) ne saurait démentir : les drapeaux gascon et basque continuent ainsi de flotter côte à côte sur la façade de l'Hôtel de Ville.
"Bayonne… place forte frontalière, port maritime et fluvial, ville épiscopale et religieuse d’un diocèse de population en majorité basque, ville de tradition et de langue gasconnes… ". selon P. Hourmat, professeur d'histoire.
"Bayonne est la capitale d’une région, le bas-Adour, avec les trois "provinces" basques et une partie de la Gascogne ; ....". Eugène Goyhenèche, historien du Pays basque
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